El término municipal de Mendaza se extiende por el valle de la Berrueza, enmarcado por las sierras de Lóquiz y Dos Hermanas. Lo recorre por su parte Norte el río Ega y, por el Sur, el río Odrón. También cruza el municipio el arroyo Galbarra, que poco después de Acedo desemboca en el Ega.
La Sierra de Lóquiz alberga buena parte de la riqueza natural del término. En ella crecen robles, quejigos, carrascas y distintos tipos de arbustos, y podemos encontrar numerosas especies animales: corzos, jabalís, buitres leonados, cernícalos... Además, en los bosques del municipio hay zorros, tejones, ginetas, gavilanes o ratoneros comunes.
Cerca de la ermita de Santa Coloma, a 15 minutos a pie desde Mendaza, se encuentra la Encina de las Tres Patas, catalogada como Monumento Natural de Navarra y motivo de orgullo de los vecinos del municipio y de toda la comarca de Tierra Estella. Es este un ejemplar único de encina Quercus Ilex que tiene el interior hueco y se apoya únicamente en tres contrafuertes, tres recios pilares que sostienen varias toneladas de tronco y ramas -tiene 15 metros de altura y 7,7 metros de perímetro- y que le hizo merecer la declaración de Monumento Natural en el año 1991.
Su edad ha sido calculada en unos 1.200 años, por lo que se trata de uno de los árboles más longevos de la Península Ibérica. Hasta siete personas tienen cabida entre esas tres patas milenarias que siguen desafiando al tiempo.
